El curso de un proceso de integración puede resultar obstaculizado por las disputas que surjan entre los participantes. Su solución contribuye a restablecer el apropiado funcionamiento de ese proceso. De ahí que la normativa de los esquemas de integración establezca un sistema de solución de controversias.
En el MERCOSUR el sistema de solución de controversias está previsto en el constitutivo Tratado de Asunción (26-3-91) en su artículo 3 y en el Anexo III. En tal sentido, el Protocolo de Brasilia (17-12-91) lo estableció para estar vigente hasta la entrada en vigor de un sistema permanente (art. 34). El Protocolo fue reglamentado por Decisión 17/98.1 El Protocolo de Ouro Preto (17-12-94), sobre la estructura institucional del MERCOSUR, complementó el Protocolo de Brasilia.