Evaluación de rendimiento y eficiencia energética de sistemas heterogéneos para bioinformática

Abstract

El objetivo general de esta tesis consiste en evaluar el rendimiento y la eficiencia energética de sistemas para cómputo de altas prestaciones al acelerar el alineamiento de secuencias biológicas mediante el algoritmo SW. Los objetivos específicos son los siguientes:  Describir y comparar las propuestas científicas para el alineamiento de secuencias biológicas utilizando sistemas para cómputo de altas prestaciones con el objeto de caracterizarlas.  Identificar los factores que inciden en el rendimiento y la eficiencia energética de los sistemas para cómputo de altas prestaciones al acelerar el alineamiento de secuencias.  Diseñar y desarrollar soluciones algorítmicas para aquellos sistemas de cómputo de altas prestaciones que no tengan implementaciones disponibles o, en caso contrario, que superen a las existentes en cuanto a aceleración.  Medir y analizar el rendimiento y la eficiencia energética de las herramientas seleccionadas y de las propuestas desarrolladas. Esta investigación doctoral se plantea como un estudio proyectivo que pretende dar solución a la necesidad de contar con implementaciones aceleradas del alineamiento de secuencias mediante el algoritmo SW en sistemas de cómputo de altas prestaciones junto a evaluaciones de rendimiento que además consideren la eficiencia energética