En su trabajo sobre los Indios Guayaquis, el señor C. de la Hitte se pregunta de dónde puede provenir este nombre, y añade que respecto á ese punto debemos confesar nuestra ignorancia y la inutilidad de sus investigaciones. El doctor Von lhering, en una obra notable—como todo lo que escribe— «A Civilisaoao prehistórica do Brasil meridional» — al encontrar la raíz guaya en palabras guayanas y guayaquis, infiere que estos pueblos deben tener un origen común; y por lo tanto que guaya debe ser el nombre de una raza antigua extinguida que habría ocupado vastas regiones americanas. Esto parece tanto más cierto cuanto se halla la misma raíz monosilábica gua en muchos otros nombres guaranís, guachicos, guachis, gualochos, etc.
Según Joáo Méndez de Almeida, na significaría parientes y qui, espina, de donde: naqui, parientes malos; tupinaqui: parientes malos de los tupís; de modo que, guaya-na significaría, dicelhering, parientes de los guayas, y guaya-quí: guayas malos.
Esta etimología me satisfizo plenamente y no me ocupaba más de este pequeño problema, cuando recibí de uno de mis compatriotas, el general Frey, inspector de infantería de ma rina, una carta (28 de Octubre de 1897) muy sugestiva y cuya importancia no pasará desapercibida para aquellos que se inte resan por la historia de las migraciones humanas y del origen de las poblaciones sud-americanas.