De los diferentes microorganismos que habitan el suelo, las bacterias son los más comunes. Tanto el número como el tipo de bacterias que se encuentran en los suelos están influenciados por diversos factores: variables ambientales, características del suelo, así como número y tipo de planta que se encuentre en esos suelos ya que, entre otras cosas, generan una rizósfera particular. Las plantas utilizan los suelos como un proveedor de bacterias endófitas muchas de las cuales cumplen funciones muy importantes en la planta.
Esta microbiota bacteriana endófita se modificará más o menos al cambiar de suelo. No obstante, en general el genotipo/especie vegetal tiene un mayor peso en esta selección. Por otro lado, la microbiota en la endosfera de la raíz comúnmente es menos diversa que la microbiota de la rizósfera y del bulk del suelo. En este trabajo se caracterizaron las comunidades bacterianas de bulk de suelo, de rizósfera y de rizoendósfera de plantas de tomate híbrido Elpida cultivadas bajo cubierta en dos establecimientos del Cinturón Hortícola de La Plata (Argentina): Establecimiento-1, un lote con amplio historial productivo de tomate y Establecimiento- 2 con un lote nunca antes cultivado y su primer cultivo de tomate.